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情報生命物理学研究室
Intelligent Living Soft Matter Physics and Molecular Computing

研究紹介記事等

 

当研究室では、
生命システムが、物理・化学エネルギーで動くある種の自律的な計算システムだと考え、
・分子反応をプログラミングする計算原理「分子コンピューティング」の情報科学
・非平衡のソフトマターによる知的な「人工細胞」の物理学
の開拓を行っています。

情報・生命・物理の融合で知的な物質を扱う新しい科学を開拓

「生物」と「無生物の物質」は、物質でできている点では同じですが、大きな違いがたくさんあります。たとえば、持っている遺伝情報から自己組織的に体を作ったり、周囲の状況に自発的に適応したり、互いに相互作用しながら集団でより高次の機能を創発したりする点などです。これらの機能は、非平衡系で物質・エネルギーを使ったある種の情報処理(計算)であると考えられます。つまり、生物とは、自律的に‘計算’ができる特殊な物質であると言えます。

物質を扱う科学と情報を扱う科学が高度に発展した今、生物のように情報処理ができる知的な物質を取り扱う物理学、情報科学、生命科学などが必要ですが、これらの古典的な学術の分け方だけではアプローチが困難です。そこで、当研究室では、これらの分野を融合し、知的な物質を取り扱える、分野横断的な新しい科学を開拓することを目指し、下記の研究を進めています。

これらの研究を通して、物理や情報の立場から「生命とは何か?」という根源的な問いを解明するとともに、化学エネルギーを情報処理に変換して動き・考える分子集合体の物理科学を創造し、分子コンピュータや分子ロボットなど、新たなサイエンスを開拓します。

物質を使った新しい計算原理に関する情報科学
計算機を使った新しい物質情報科学

生命システムは、自由エネルギー最小化の問題(最適化問題)を解いて平衡状態を実現したり、化学エネルギーの消費のある非平衡状態において自発パターンを形成したりしますが、これらの現象は、ある種の自律的な計算プロセスであるととらえることができます。このテーマでは、分子、粒子、流体、量子、生物などの物質系・物理系を使った新しい計算手法である「分子コンピューティング」の研究を進めています。また、人工知能技術を用いた分子実験の自動化のための実験アルゴリズム開発・システム開発の研究も進めています。これらにより、ナノサイズの分子コンピュータの開発や分子プログラミング手法など物質による知能情報システムの実現を目指します。
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適応・進化する人工細胞の合成生物学

私たち生命システムが非生命の物質からどのようにできているか、どのように知性を発揮しているかを理解することは、生命科学だけでなく物理科学や情報科学においても、未解明の重要な問いとして存在しています。そこで、生物の最小単位である細胞を模倣した人工細胞や環境に適応し進化する人工生命システムの構築を通し、物質としてあり得る生命を探求し本質を抽出する非天然生物物理学(天然にないものの生物物理学)を開拓して、「生命とは何か?」の問いに迫ります。たとえば、DNAや脂質膜を利用して、小胞型の人工細胞やコアセルベート型(液-液相分離型)の人工細胞などを構築しています。さらに、DNAナノテクノロジーマイクロ流体工学を利用して、細胞模倣型の分子ロボットも目指します。
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知的なソフトマターの物理学

エネルギー・物質・情報の出入りがある非平衡開放系における、情報を持ったソフトマター自己秩序化現象を探求しています。まさにこれは生命システムを物理学的に捉えた描像と言えます。ここでは、電場・光等による非平衡場のエネルギーや、化学反応による分子の自由エネルギーの変換によって、計算・記憶・自律運動・集団挙動などの動的な現象を示す知的なアクティブマターを実現し、その物理的なメカニズムの解明に関して研究を行っています。また、これを応用したマイクロマシンソフトロボットの構築も行っています。
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  • ◯シミュレーション研究をしたい生命科学者
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  • ◯DNAの構造は自然の芸術だと思う化学者
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  • ◯HFSP:特任助教/研究員1名程度、任期2年(2024年度着任)

研究室の解説記事

日本語解説記事
    • ◯”DNAから人工細胞や分子ロボットをつくる-物質と生命の境界を探求-”, NEXT generation, 東京工業大学 Link (日本語) / “Creating artificial cells and molecular robots using DNA – Exploring the boundary between matter and life”, NEXT generation, Tokyo Tech: Link (English) 
    • ◯”天然にないものの生物物理学”, 「生物物理」誌, 巻頭言 (2020) DOI: 10.2142/biophys.60.263 [The Biophysics of ʻOrganisms Not Existing in Natureʼ (English translation)]
    • ◯”生体内で働く分子ロボットの実現へ:情報媒体としてのDNA分子とDNAコンピューティング”, 情報管理(JST) (2017) DOI: 10.1241/johokanri.60.629
    • ◯”自律性を備えた人工細胞を創出し、生命と物質の境界を探る”, Nature Digest (2012) DOI: 10.1038/ndigest.2012.120226
プレスリリース記事

連絡先

瀧ノ上(takinoue [at] c.titech.ac.jp)